Kur kaluan kohët e paganizmit, kur krishterimi pushoi së persekutuari dhe u njoh si fe botërore, do të dukej se të gjitha dallimet duhet të zgjidheshin. Por ndonjëherë vetëm Këshillat Ekumenikë mund të zgjidhnin konfliktet në zhvillim, të hidhnin poshtë mësimet heretike - nuk kishte paqe as brenda Kishës.
Këshilli i parë Ekumenik ishte Këshilli i Nikesë, i mbledhur në 325. Arsyeja për këtë ishte mësimi i përhapur i presbiterit Aleksandri Arius. Thelbi i saj ishte të mohonte identitetin midis Perëndisë Atë dhe Perëndisë Bir. Ai argumentoi se Jezu Krishti u krijua nga Zoti, por nuk është mishërimi i tij. Një ide e tillë hodhi poshtë rrënjësisht të gjitha dogmat e krishterimit, dhe për këtë arsye fillimisht mësimi i Arius u hodh poshtë nga Këshilli Vendor. Megjithatë, presbiteri krenar nuk pranoi të njihte vendimin e Këshillit si legjitim dhe vazhdoi të fitonte mbi besimtarët.
Pastaj Perandori Konstandin ftoi peshkopët nga e gjithë bota në Këshillin Ekumenik në qytetin e vogël të Nikesë (tani i quajtur Iznik dhe ndodhet në territorin e Turqisë moderne). Disa nga përfaqësuesit e Kishës të pranishëm mbanin gjurmë torturash në trupat e tyre,marrë në emër të krishterimit të vërtetë. Peshkopët që mbështesnin Arius ishin gjithashtu të pranishëm.
Debati zgjati më shumë se dy muaj. Gjatë kësaj kohe pati shumë diskutime, fjalime nga filozofë, sqarime të formulimeve teologjike. Siç tregon legjenda, shfaqja e një mrekullie hyjnore i dha fund grindjeve. Si një unitet i tre parimeve, ai dha një shembull të një copë b alte: uji, zjarri, b alta japin një tërësi të vetme. Po kështu, Trinia e Shenjtë është në thelb një Zot. Pas fjalës së tij, zjarri u shfaq nga copëza, u shfaq uji dhe u formua b alta. Pas një mrekullie të tillë, Këshilli i Nicesë më në fund hodhi poshtë mësimet e rreme të Arius, e shkishëroi atë nga Kisha, miratoi Kredon dhe vendosi 20 rregulla të disiplinës së kishës, përcaktoi datën për kremtimin e Pashkëve.
Por ky Këshill i Kishës nuk i ka dhënë fund kësaj çështjeje. Debati vazhdoi për një kohë shumë të gjatë. Edhe tani, jehona e tyre dëgjohet ende - Arianizmi formoi bazën e mësimeve të Dëshmitarëve të Jehovait.
Përveç Këshillit të vitit 325, ishte edhe Këshilli i Dytë i Nikesë, i thirrur nga Perandoresha Irene e Kostandinopojës në 787. Qëllimi i tij ishte shfuqizimi i ikonoklazmës që ekzistonte në atë kohë. Në fakt, Perandoresha bëri dy përpjekje për të mbledhur një Koncil Ekumenik. Por në 786, rojet që mbështesin ikonoklastët hynë në Tempullin e Apostujve të Shenjtë në Kostandinopojë, ku Këshilli filloi punën. Etërit e shenjtë duhej të shpërndaheshin.
Pasi iu drejtua trukeve të konsiderueshme, duke shpërndarë gardën e vjetër, duke rekrutuar trupa të reja, Irina megjithatë mblodhi Katedralen në787, por e zhvendosi nga Konstandinopoja në Nikea. Puna e tij zgjati një muaj, pas rezultateve të saj, nderimi i ikonave u rivendos, ato u lejuan në kisha.
Megjithatë, edhe ky Këshill i Nikesë nuk arriti ta arrijë plotësisht qëllimin e tij. Ikonoklazia vazhdoi të ekzistonte. Lëvizja ikonoklaste u mposht përfundimisht vetëm në vitin 843, në Këshillin e Konstandinopojës.